A estrutura da UnB foi inicialmente concebida de modo a conter faculdades e institutos centrais. As faculdades seriam responsáveis pela formação profissional em áreas mais aplicadas, enquanto os institutos centrais deveriam se concentrar na pesquisa e na formação de cientistas. Essa divisão ainda pode ser percebida nos nomes das atuais unidades acadêmicas da universidade, que possui institutos de física, química e ciências sociais, mas faculdades de tecnologia, arquitetura e ciências da saúde.

 

Em harmonia com essa concepção, o Instituto Central de Física Pura e Aplicada foi criado nos primeiros anos após a fundação da universidade em 1962. Após a instituição do governo militar em 1964, um grande número de professores afastou-se da universidade, de modo que, em 1970, foi decidido que a estrutura da UnB deveria ser simplicada. Assim, o instituto passou a ser um departamento do Instituto de Ciências Exatas (IE), o Departamento de Física, como conta o professor Oyanarte Portilho:

 

"Em 1970 a UnB procurava se reorganizar, ainda que sob clima político-administrativo longe do ideal, e decidiu-se que a estrutura daqueles Institutos Centrais era um tando exagerada para a quantidade de  docentes disponíveis, de modo que se optou por juntá-los por afinidade como Departamentos de novos Institutos. Então, a Física, a Química, a Geociências e a Matemática tornaram-se Departamentos do Instituto de  Ciências Exatas (IE), tendo o professor do Departamento de Física Luiz Carlos Gomes como seu primeiro Diretor. Anos mais tarde, foram criados os Departamentos de Estatística e de Ciência da Computação, ao mesmo tempo em que se juntaram ao IE."

 

Essa fusão seria revertida mais tarde. Após os departamentos de geociências e de química se desvincularem do IE para se tornarem institutos independentes, o Departamento de Física fez o mesmo, tornando-se o Instituto de Física em 1997 (os estudos com esse objetivo foram iniciados em 1992).

O professor Leonardo Castro agradece as contribuições dos professores Júnio Cruz e Oyanarte Portilho, assim como das empresas juniores Quark Up e Atena.